在处理股权转让法律意见书中的保密义务时，首先要明确保密义务的具体内容和范围。保密义务通常包括对交易信息、文件和资料的保密，以及禁止未经授权披露相关信息给第三方。管理者在处理这一问题时，可以采取以下措施：
确定保密协议：在起草股权转让法律意见书时，应明确保密协议的内容，明确保密义务的范围、期限和违约责任等条款，确保相关方清楚了解保密义务。
内部保密措施：建立内部保密措施，员工对敏感信息的访问和披露，确保相关信息只在必要的人员之间流通。
控制文件传递：在传递股权转让法律意见书时，通过加密文件、打印和复制等措施，确保文件的安全传递。
建立监管机制：建立监管机制，对参与文件处理的人员进行培训，监督他们的行为，防止违反保密义务。
加强外部保密措施：与外部律师事务所或专业顾问签署保密协议，确保他们也遵守保密义务，防止信息泄露。
案例分析：某公司在进行股权转让交易时，相关的法律意见书包含了大量敏感信息。为了保护这些信息的机密性，公司制定了严格的保密协议，员工的访问权限，控制文件传递，并与律师事务所签署保密协议。这些措施有效地保护了交易信息的机密性，确保了交易的顺利进行。
综上所述，处理股权转让法律意见书中的保密义务时，管理者应建立明确的保密协议，采取内部和外部的保密措施，并建立监管机制，以确保交易信息的安全和保密性。