在处理行制监督中的违法行为时，主要有以下几个步骤和方法：
确定违法行为：首先需要明确违法行为的具体内容和事实，可以通过调查取证、查阅相关文件和资料等方式进行确认。
采取行政监督措施：针对违法行为，可以采取行政监督措施，包括警告、责令改正、罚款、暂扣或吊销相关许可证件等措施。
提起行政诉讼：如果违法行为严重或恶劣，可以考虑向有关行政机关提起行政诉讼，要求对违法行为进行法律裁决。
加强监督管理：加强对相关单位和个人的监督管理，建立健全监督机制，防止类似违法行为再次发生。
完善制度建设：根据违法行为的具体情况，及时完善相关制度和规章，提高管理水平和效率，规范行政行为。
在处理违法行为时，应当依法依规，坚持依法行政原则，确保公平公正，有效维护国家法制权威和社会秩序。
例如，某企业在生产过程中存在环境污染问题，相关主管部门可以先行对企业发出警告通知，要求企业立即整改；如果企业拒不改正，可以采取暂扣生产许可证等行政监督措施；最终，如果企业仍不配合，主管部门可以提起行政诉讼，要求对企业进行处罚。